Ujian Terbuka Program Doktor FKKMK UGM atas nama dr. Siti Isya Wahdini, Sp.BP-RE(KKF)
Disertasi:
Identifikasi Varian Genetik Pada Penyakit Mikrotia Dengan Next Generation Sequencing (NGS)
Tim Pembimbing:
- Prof. dr. Gunadi, Ph.D, Sp.BA., Subsp.DA(K)
- Dr. dr. Indri Lakhsmi Putri, Sp.B.P.R.E., Subsp.K.M.(K)
Latar Belakang: Penelitian genetik pada mikrotia hingga saat ini masih terbatas pada populasi dan keluarga tertentu, tanpa adanya eksplorasi menyeluruh terhadap spektrum genetik yang lebih luas. Pada populasi Indonesia belum tersedia data genetik terkait mikrotia. Identifikasi varian genetik melalui pendekatan Whole Exome Sequencing (WES) dapat memberikan gambaran menyeluruh mengenai varian yang berpotensi berperan dalam patogenesis mikrotia. Penelitian ini bertujuan untuk
mengetahui frekuensi serta hubungan antara genotipe dan fenotipe pada pasien mikrotia sindromik, non-sindromik, familial, dan sporadik.
Metode: Sebanyak 26 pasien mikrotia direkrut antara tahun 2018 hingga 2023 dari dua rumah sakit di Indonesia. Setelah persetujuan tertulis diperoleh dari seluruh partisipan, DNA genomik diekstraksi dan dianalisis menggunakan Whole Exome Sequencing berbasis teknologi Next-Generation Sequencing (NGS). Varian jarang dengan minor allele frequency (MAF) <1% diidentifikasi melalui bioinformatics pipeline. Patogenisitas varian dievaluasi dengan menggunakan alat prediksi in silico, seperti phyloP, CADD score, dan Grantham score. Hubungan genotipe-fenotipe ditentukan berdasarkan pedoman ACMG (American College of Medical Genetics and
Genomics).
Hasil: Analisis genetik dengan metode WES menunjukkan hasil positif pada 12 pasien. Berdasarkan pedoman ACMG, ditemukan 2 pasien dengan varian patogenik, 1 pasien dengan varian likely pathogenic, dan 9 pasien dengan variant of uncertain significance (VUS). Dari total 26 pasien yang diperiksa, 12 pasien (46%) menunjukkan hasil genetik positif, sementara 14 pasien (54%) lainnya negatif. Penelitian ini juga menemukan varian dan gen baru pada 11 pasien (42%) dengan mikrotia sindromik, 1 pasien (4%) dengan mikrotia non-sindromik, 3 pasien (12%) dengan mikrotia familial, serta 9 pasien (35%) dengan mikrotia sporadik.
Kesimpulan: Hasil penelitian ini menunjukkan adanya hubungan antara varian genetik (genotipe) dengan fenotipe pada pasien mikrotia sindromik, non-sindromik, familial, maupun sporadik.
Kata kunci: Genetik mikrotia, Whole Exome Sequencing, Fenotip, Kelainan kongenital
